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當(dāng)前位置：模擬計(jì)算 ?  分子動(dòng)力學(xué) ? 

分子動(dòng)力學(xué)-同源建模

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分子動(dòng)力學(xué)-同源建模

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項(xiàng)目介紹

目前的獲得蛋白結(jié)構(gòu)的方式主要有三種：X-ray，NMR和電鏡。如果實(shí)驗(yàn)室沒有此條件，計(jì)算機(jī)模擬手段可以解決未知蛋白的三維空間結(jié)構(gòu)，為您的課題提供助力；也可以通過同源建?；蛘邚念^建模方式計(jì)算獲得空間三維結(jié)構(gòu)，便于后期藥學(xué)、分子生物學(xué)等課題的開展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)為參照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)的技術(shù)。給定氨基酸序列，通過Modeller等建模軟件獲取蛋白質(zhì)建模三維結(jié)構(gòu)，并通過分子動(dòng)力學(xué)分析獲取初步的可靠蛋白結(jié)構(gòu)。若同源相似性較低的蛋白，可以通過從頭建模Rosetta軟件進(jìn)行預(yù)測(cè)蛋白三維結(jié)構(gòu)。

樣品要求

1.       科研計(jì)算服務(wù)是一個(gè)探索的過程，其中存在不確定性。所有模擬計(jì)算只保證計(jì)算方法正確，至于結(jié)果是否完全符合客戶預(yù)期無法保證。

（例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外當(dāng)前的模擬方法也存在很多近似（例如OER過程的吉布斯自由能計(jì)算中會(huì)忽略掉催化劑的表面電荷富集效應(yīng)與溶劑效應(yīng)等），這 都有可能導(dǎo)致計(jì)算結(jié)果和實(shí)驗(yàn)結(jié)果出現(xiàn)分歧（即某一問題可能是多種因素共同作用的結(jié)果，單純考慮其中某一作用不足以反應(yīng)要研究的問題本質(zhì)，目前也尚未有任何計(jì)算方法可以完全實(shí)現(xiàn)模擬仿真條件與真實(shí)實(shí)驗(yàn)條件的完全一致，因此研究問題的哪個(gè)方面需要由客戶最終決定），因此，我們?cè)谟?jì)算過程中會(huì)盡可能減少可以避免的誤差，但是有些誤差受限于理論本身，不可避免，我們對(duì)此引發(fā)的后果不承擔(dān)任何責(zé)任。此外，分子力學(xué)或者分子動(dòng)力學(xué)等基于分子力場(chǎng)的模擬計(jì)算重現(xiàn)性可能不如第一性原理計(jì)算，因此不保證兩次獨(dú)立的相同體系相同任務(wù)的模擬可以得到完全定量一致的結(jié)果，對(duì)此引發(fā)的分歧，我們不承擔(dān)任何責(zé)任）。

2.       請(qǐng)?zhí)峁╆P(guān)于結(jié)構(gòu)或者實(shí)驗(yàn)條件盡可能詳細(xì)的信息。

比如材料中是否有缺陷，空位，是異質(zhì)結(jié)，還是負(fù)載團(tuán)簇模型等。如果不提供影響計(jì)算的關(guān)鍵信息，計(jì)算老師按著自己的理解去計(jì)算，由此導(dǎo)致的結(jié)果和費(fèi)用，請(qǐng)客戶自行承擔(dān)。

3.       原始數(shù)據(jù)保存6個(gè)月。

由于超算平臺(tái)的數(shù)據(jù)吞吐量較大，因此原始數(shù)據(jù)我們無償為客戶保存6個(gè)月，超過6個(gè)月的原始數(shù)據(jù)將會(huì)被刪除，請(qǐng)客戶知曉。且在6個(gè)月內(nèi)只提供原始數(shù)據(jù)，不再接受其他相關(guān)請(qǐng)求。

4.       嚴(yán)格按照計(jì)算方案約定計(jì)算

除本方案約定內(nèi)容之外，客戶如有其他特殊需求，請(qǐng)?zhí)崆案嬷?。如果需要補(bǔ)充計(jì)算可以補(bǔ)充下單。本著學(xué)術(shù)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膽B(tài)度，我們無法接受“人為調(diào)一下結(jié)果”，“調(diào)下參數(shù)使之更靠近我的預(yù)期”此類要求，所有計(jì)算結(jié)果尊重原始結(jié)果數(shù)據(jù)，敬請(qǐng)客戶不要提出這種要求。如果客戶下單后，又提出此類要求，我們有權(quán)利退單，由此造成的機(jī)時(shí)浪費(fèi)及經(jīng)濟(jì)損失由客戶承擔(dān)。

5.       客戶如對(duì)計(jì)算結(jié)果有異議，可以申請(qǐng)復(fù)核。

復(fù)核僅僅檢查“計(jì)算方法是否存在錯(cuò)誤”，“計(jì)算參數(shù)是否不合理”，“數(shù)據(jù)導(dǎo)入過程是否存在失誤”等問題，如果上述檢查均沒有問題，則認(rèn)定計(jì)算結(jié)果不存在理論上的錯(cuò)誤，這種情況下，不接受任何無償性質(zhì)的計(jì)算測(cè)試以及重新計(jì)算要求，請(qǐng)客戶知曉！

項(xiàng)目案例
常見問題
1、Q1、如果計(jì)算結(jié)果與預(yù)期不符合怎么辦？

1.科研計(jì)算服務(wù)是一個(gè)探索的過程，其中存在不確定性。服務(wù)方對(duì)理論計(jì)算得到的數(shù)據(jù)負(fù)責(zé)， 但不保證理論數(shù)據(jù)能夠與預(yù)期結(jié)果完全一致。如果需要可以對(duì)模型進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整，調(diào)整過程中若增加計(jì)算或者大規(guī)模的重新計(jì)算，需增加計(jì)算費(fèi)用，價(jià)格另行協(xié)商。

2.模擬計(jì)算存在不確定性，我們對(duì)計(jì)算過程的正確性負(fù)責(zé)。計(jì)算開始之后會(huì)消耗軟件，機(jī)時(shí)以及人力成本，所以不支持退款，敬請(qǐng)諒解


2、Q2、模擬計(jì)算項(xiàng)目服務(wù)范圍？

1.計(jì)算完成之后提供所需的計(jì)算方法，計(jì)算結(jié)果數(shù)據(jù)和圖文，以及關(guān)于計(jì)算結(jié)果中疑問的解答；

2.文章回復(fù)意見中模擬計(jì)算問題進(jìn)行適當(dāng)?shù)慕獯穑舴蹈搴笮枰黾佑?jì)算，需另行收費(fèi)。


3、Q3、關(guān)于模擬計(jì)算下單流程是怎么樣的呢？

1.如果是確定計(jì)算需求，可以直接在測(cè)試狗官網(wǎng)選擇相應(yīng)的項(xiàng)目進(jìn)行下單，提交訂單時(shí)需填寫具體的計(jì)算內(nèi)容，預(yù)期結(jié)構(gòu)，分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)的參考文獻(xiàn)。如果網(wǎng)站上沒有對(duì)應(yīng)的項(xiàng)目請(qǐng)選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計(jì)算內(nèi)容；

2.如果不能確定計(jì)算內(nèi)容，可以直接聯(lián)系工作人員進(jìn)行需求溝通。

分子動(dòng)力學(xué)-同源建模

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安心測(cè)服務(wù)說明
關(guān)閉
7天無理由
7天無理由免費(fèi)復(fù)測(cè)
1. 復(fù)測(cè)保證

如果在訂單完成之后7天內(nèi)對(duì)結(jié)果存疑,可申請(qǐng)同條件免費(fèi)復(fù)測(cè)，更換條件或者參數(shù)不能參與免費(fèi)復(fù)測(cè)保障服務(wù)，全程由專業(yè)團(tuán)隊(duì)操作，確保結(jié)果有效性；

2. 具體細(xì)則

每單限1次復(fù)測(cè)機(jī)會(huì)，單次需小于5個(gè)樣品; 此外免費(fèi)復(fù)測(cè)樣品必須為同一樣，私人定制、云視頻測(cè)試不可享受此服務(wù)；

3. 注意事項(xiàng)

如果由于您自身樣品的情況(樣品有問題/選錯(cuò)測(cè)試條件等)將不可享受此服務(wù)；

我知道了
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